Error in loadnamespace j i 1l c lib loc libpaths versioncheck vi j

I was trying to install a library from GitHub in R Studio and I encountered such an error: > devtools::install_github("haleyjeppson/ggmosaic") Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c...

New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and
privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub?
Sign in
to your account


Closed

yuhanczhang opened this issue

May 9, 2020

· 12 comments

Comments

@yuhanczhang

I was trying to install a library from GitHub in R Studio and I encountered such an error:

> devtools::install_github("haleyjeppson/ggmosaic")
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : namespace ‘cli’ 2.0.0 is already loaded, but >= 2.0.2 is required

I was wondering what this means and how I should solve this problem. Thanks!

@jimhester

The easiest workaround is running install.packages("cli") before you call the devtools command.

@werrby

Hi Jim,

I tried
install.packages(«cli»)y
if (!require(«devtools»)) { install.packages(«devtools») }
if (!require(«datarobot.pe.clustering»)) { devtools::install_github(«datarobot-community/pe-clustering-R», build_vignettes=TRUE) }

but i’m still getting namespace ‘cli’ 2.2.0 is being loaded, but >= 2.4.0 is required

Thank you

@xiaofanliang

install.packages(«cli») solves my problem

@alexmorenovi

I also had that issue, I had to remove the cli package because it wasn¿t updating correctly, then I re-installed it and everything worked just fine.

@sandramacheri2498

In my case I installed the «cli» package but I keep getting the same error. Advice?

@jennybc

@sandramacheri2498 The entry-level advice is to make absolutely 100% sure that, after a confirmed successful re-installation of cli, that you also re-start R, making sure that it’s a complete clean restart.

@AnotherDataGuy

Just the same issue.
I couldn’t manage to update it. I was getting the warning: cannot remove prior installation of package ‘cli’).

So I first removed the package:
remove.packages(«cli»)

then installed it again:
install.packages(«cli»)

@KWigg4

Thanks so much- uninstalling and reinstalling cli helped me after an hour of swearing :)

@omrctnr

Just the same issue. I couldn’t manage to update it. I was getting the warning: cannot remove prior installation of package ‘cli’).

So I first removed the package: remove.packages(«cli»)

then installed it again: install.packages(«cli»)

It worked!
Thank you

@Bakazola99

Thank you for this. I think the issue is after installing «cli» try to restart the R. it works well for me with that.

@treyhamilton

Hi,

I have everything updated and installed 100% however, I was trying to use this to extract a file that I found and received the following output:

Please wait…
This depends on your internet connection speed and ‘size’ of content.

Error in str_match(css, el_re) :
lazy-load database ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1/Resources/library/stringi/R/stringi.rdb’ is corrupt
In addition: Warning messages:
1: In str_match(css, el_re) : restarting interrupted promise evaluation
2: In str_match(css, el_re) : internal error -3 in R_decompress1

@stuwrighthealthecon

Just to add in case its useful but uninstalling and re-installing cli didn’t work for me but then updating to latest version of RStudio seems to have fixed it

I had successfully installed Microsoft Machine Learning Server in Ubuntu 16.04 with a one-box configuration. Everything worked till the point where i had to consume the deployed web service. The first error that showed was it couldn’t find the package dplyr,
hence, i installed dplyr package in this path /opt/microsoft/mlserver/9.2.1/libraries/RServer as follows: 

install.packages("dplyr",dependencies=TRUE,lib= "/opt/microsoft/mlserver/9.2.1/libraries/RServer")

Then the following error was thrown

[1] "Error: package or namespace load failed for ‘dplyr’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):n there is no package called ‘R6’npred could not be returned.n"

I restarted the r session and tried to install R6 and the following Error shows

 install.packages("R6",dependencies=TRUE,lib="/opt/microsoft/mlserver/9.2.1/libraries/RServer")
  % Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed
100  315k  100  315k    0     0   170k      0  0:00:01  0:00:01 --:--:--  170k
No protocol specified
* installing *source* package ‘R6’ ...
** package ‘R6’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
Error in unloadNamespace(pkg_name) :
  namespace ‘R6’ is imported by ‘CompatibilityAPI’ so cannot be unloaded
* removing ‘/opt/microsoft/mlserver/9.2.1/libraries/RServer/R6’

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/Rtmpi43m3t/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("R6", dependencies = TRUE, lib = "/opt/microsoft/mlserver/9.2.1/libraries/RServer") :
  installation of package ‘R6’ had non-zero exit status

I restarted the R Session and tried to unload «CompatibilityAPI» from the Namespace (including the packages that «ComaptibilityAPI» depends on like RevoScaleR and MicrosoftML; also unloaded R6), tried to re-install the R6 again unfortunately
ends up throwing the same error and warning message.

What could be the solution to this?

I was able to import an excel spreadsheet into RStudio and work on it while at work, so I decided to email myself the same spreadsheet and work on it at home as well. When I downloaded the excel file and tried to import it into the RStudio environment at home, I get this error message:

«Is this a valid Excel file?
there is no package called ‘pkgconfig'»

I’ve tried a fresh install of R and RStudio, simply installing pkgconfig, and updating as many packages as possible and I still receive this error message.

I also tried converting the Excel file to a .csv where I received a similar error message, «there is no package called ‘pkgconfig'».

In trying this code:

library(readxl)

FinancialSpreadsheet <- read_excel(«FinancialSpreadsheet.xlsx»)

I receive:

Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) :
there is no package called ‘pkgconfig’

I feel I am possibly overlooking something obvious because I am fairly new to this language and software. Thank you for any help.

  • Remove From My Forums
  • Вопрос

  • Hi,

    I have an R script which requires dependence on qdap package of R. I passed the qdap package zipped in Script bundle module of Execute R Script. It gave an error of «package or namespace load failed for ‘qdap'»

    install.packages(«src/qdap_2.2.2.zip»,lib=».»,repos=NULL,verbose=TRUE)

    library(qdap,lib.loc=».»,verbose=TRUE)

    Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
    [ModuleOutput]   namespace ‘dplyr’ 0.2 is being loaded, but >= 0.3 is required

    Then I tried to pass the zipped version of «dplyr» package (>=0.3)  in script bundle module.

    install.packages(«src/dplyr.zip»,lib=».»,repos=NULL,verbose=TRUE)

    library(dplyr,lib.loc=».»,verbose=TRUE)

    Still the error persists.  Is it possible to replace the already installed dplyr with the one passed through Script Bundle module? Or any other alternative to get qdap working?

    Thanks

Ответы

  • Unfortunately, this package won’t work due to dependency on rJava. You may have to find an alternative package that doesn’t require rjava.

    • Предложено в качестве ответа

      21 сентября 2015 г. 17:28

    • Помечено в качестве ответа
      neerajkh_MSFT
      23 сентября 2015 г. 16:31

Установка пакетов в RStudio: исправление проблемы с путем установки

Я не могу установить пакеты ggplot2 и data.table. Это дает мне следующую ошибку (пример для ggplot2)

> library(ggplot2) Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : there is no package called ‘Rcpp’ Error: package or namespace load failed for ‘ggplot2’ 

Я смог нормально работать с этими двумя пакетами до того, как закрыл сеанс R. Теперь он показывает мне эту ошибку каждый раз, когда я пытаюсь ее запустить.

Я также пытался удалить и переустановить его, но безуспешно.

remove.packages(c('ggplot2', 'data.table')) install.packages('ggplot2', dep = TRUE) install.packages('data.table', dep = TRUE) 

Я не уверен что не так

  • 4 Ваша проблема не в пакете ggplot2, а в пакете Rcpp.
  • 6 Прочтите сообщение об ошибке, и вы получите решение своей проблемы. Это хорошая идея использовать install.packages('ggplot2', dependencies = TRUE).
  • ой. Может тогда data.table? Или, может быть, происходило что-то невоспроизводимое, и это было пустой тратой награды.
  • 4 ggplot2 зависит от пяти десятков других вещей, некоторые из которых (масштабируются?) Используют скомпилированный код. Таким образом, тот факт, что ggplot2 предназначен только для R, — отвлекающий маневр.
  • 1 У меня была такая же проблема после установки Rcpp. Больше ничего не загружалось. Только что сделал install.packages('Rcpp', dependencies = TRUE) снова и не нужно было связываться ни с одним из моих других пакетов.

+50

Это решило проблему:

remove.packages(c('ggplot2', 'data.table')) install.packages('Rcpp', dependencies = TRUE) install.packages('ggplot2', dependencies = TRUE) install.packages('data.table', dependencies = TRUE) 
  • 1 dependencies=TRUE не требуется, эта установка предлагает рекомендуемые действия, которые не являются обязательными для пакетов R

После безумной погони с кучей поисковых запросов в Google и попыток взлома я думаю, что нашел, как решить эту проблему.

Шаги, предпринятые для решения проблемы:

  1. Удалить R
  2. Переустановите R
  3. Установите ggplot с аргументом dependencies для install.packages, установленным в TRUE

    install.packages('ggplot2',dependencies = TRUE)

  4. Вышеупомянутый шаг по-прежнему НЕ включает зависимость Rcpp, поэтому ее необходимо установить вручную с помощью следующей команды

    install.packages('Rcpp')

Однако, хотя приведенная выше команда успешно загружает Rcpp, по какой-то причине ей не удается взорвать ZIP-файл и установить его в папку моей библиотеки R, ссылаясь на следующую ошибку:

пакет ‘Rcpp’ успешно распакован и суммы MD5 проверены Предупреждение в install.packages: невозможно переместить временную установку ‘C: Root_Prgs Data_Science_SW R R-3.2.3 library file27b8ef47b6d Rcpp’ в ‘C: Root_Prgs Data_Science_SW R R-3.2.3 library Rcpp ‘

Загруженные бинарные пакеты находятся в C: Users MY_USER_ID AppData Local Temp Rtmp25XQ0S loaded_packages

  1. Обратите внимание, что в приведенных выше выходных данных написано «Предупреждение», но на самом деле это показатель неудачной установки пакета Rcpp в репозитории. Затем я использовал Инструменты -> Установить пакеты -> Из ZIP-файла и указал на расположение «загруженных двоичных пакетов» в сообщении выше —

C:UsersMY_USER_IDAppDataLocalTempRtmp25XQ0Sdownloaded_packagesRcpp_0.12.3.zip

  1. Это привело к успешной установке Rcpp в мою папку R R-3.2.3 library, тем самым гарантируя, что Rcpp теперь доступен, когда я пытаюсь загрузить библиотеку для ggplot2. Раньше я не мог выполнить этот шаг, потому что моя предыдущая установка R вызвала бы ошибку о невозможности импорта Rcpp. Однако эта же команда работала после того, как я удалил и переустановил R, который является ODD.

    install.packages («C: /Users/MY_USER_ID/AppData/Local/Temp/Rtmp25XQ0S/downloaded_packages/Rcpp_0.12.3.zip», repos = NULL, type = «win.binary») пакет ‘Rcpp’ успешно распакован и суммирует MD5 проверено

  2. Наконец-то мне удалось успешно загрузить библиотеку ggplot2.

    library(ggplot2)

  • 30 это не совсем «решение проблемы», это как убийство плюс побег на другой конец планеты под новым именем ;-)

Я тоже столкнулся с той же проблемой и

remove.packages(c('ggplot2', 'data.table')) install.packages('Rcpp', dependencies = TRUE) install.packages('ggplot2', dependencies = TRUE) 

у меня эти команды не работали. Я обнаружил, что он показывал предупреждающее сообщение о том, что не может переместить временную установку. C:UsersUser_nameDocumentsRwin-library3.3abcd1234Rcpp к C:UsersUser_nameDocumentsRwin-library3.3Rcpp.

Я загрузил zip-файл Rcpp по указанной ссылке, разархивировал его и скопировал внутрь C:UsersUser_nameDocumentsRwin-library3.3 а потом

library(Rcpp) library(ggplot2) 

работал. Мне не нужно было удалять R. Надеюсь, это поможет.

  • Благодарность! У меня тоже сработало. Хотя мне пришлось вручную изменить имя пакета на «Rcpp» в каталоге файлов Windows, чтобы оно соответствовало R, и переместить файлы на один уровень вверх в каталоге файлов Windows. Рад, что мне не пришлось все удалять.

Столкнулся с той же проблемой и решил:

remove.packages('ggplot2') install.packages('ggplot2', dependencies = TRUE) 

когда ты видишь

Вы хотите установить из исходников пакет, требующий компиляции? (Да / нет / отменить)

ответь нет

Попробуй это:

install.packages('Rcpp') install.packages('ggplot2') install.packages('data.table') 
  • 7 Разве вы не можете установить их все одной командой? Кроме того, разве им не нужно просто установить Rcpp? Или укажите dependencies = TRUE при установке в первую очередь?

Я попробовал шаги, упомянутые в предыдущих сообщениях, но безуспешно. Однако то, что сработало для меня, — это полное удаление R, а затем удаление папки R, файлы в папке с документами, поэтому в основном с R работает все, кроме сценариев и рабочих пространств, которые я сохранил. Затем я переустановил R и запустил

remove.packages(c('ggplot2', 'data.table')) install.packages('Rcpp', dependencies = TRUE) install.packages('ggplot2', dependencies = TRUE) install.packages('data.table', dependencies = TRUE) 

Этот довольно грубый метод как-то у меня сработал.

  • Я сделал нечто подобное, просто скопировал соответствующие файлы в новую папку и создал новый проект. Работает неплохо.

Я попробовал все перечисленные выше решения, но ничего не помогло. Это то, что у меня сработало.

  1. Посмотрите полное сообщение об ошибке, которое вы получаете при использовании библиотеки (ggplot2).
  2. В нем перечислены несколько пакетов, которые отсутствуют или содержат ошибки.
  3. Удалите и переустановите их.
  4. ggplot теперь должен работать с предупреждением о версии.

Эти шаги работают для меня:

  1. Загрузите Rcpp вручную с веб-сайта (https://cran.r-project.org/web/packages/Rcpp/index.html)
  2. распаковать папку / файлы в папку «Rcpp»
  3. Найдите папку «библиотека» в каталоге установки R Пример: C: R R-3.3.1 library
  4. Скопируйте папку «Rcpp» в папку библиотеки.

Хорошо пойти!!!

library(Rcpp) library(ggplot2) 

Для меня мне пришлось удалить R из brew brew uninstall --force R а затем перейдите на веб-сайт R, загрузите и установите его оттуда.

У меня была такая же проблема, но при запуске в ноутбуке jupyter R в среде Anaconda.

Проблема была представлена ​​таким образом, что любой открытый блокнот R мгновенно умирает и не допускает выполнения ячейки. Ошибка будет появляться при каждой неудачной автоматической попытке запустить ядро:

Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : there is no package called ‘Rcpp’ 

Чтобы решить эту проблему, я запустил как admin / sudo: conda install -c r r-rcpp, перезапустил ядро, и все вернулось к норме.

У меня была такая же проблема с пакетом «tidyverse». Я решил проблему с 1. удалением пакета «Rcpp» и «tidyverse» 2. переустановкой «Rcpp» и ответом на следующие вопросы в процессе установки:

Do you want to install from sources the package which needs compilation? (Yes/no/cancel) 

с участием

no 
  1. переустановка «тидиверса».

Tweet

Share

Link

Plus

Send

Send

Pin

Понравилась статья? Поделить с друзьями:
  • Error in library readxl there is no package called readxl
  • Error in library ggplot2 нет пакета под названием ggplot2
  • Error in library ggplot2 there is no package called ggplot2
  • Error in library dplyr нет пакета под названием dplyr
  • Error in judgment 1998