Индикатор выдаёт сообщение о том, что запуск сервиса не удался, хотя сервис успешно работает. Предварительно с помощью этого приложения настроил клиент, ошибок не выводилось.
Скриншот сообщения об ошибке — 
Вывод консольный:
$ yandex-disk-indicator -l10
2019-06-19 19:10:55,482 INFO yandex-disk-indicator v.1.10.9
2019-06-19 19:10:55,483 DEBUG Logging level: 10
2019-06-19 19:10:55,490 DEBUG Config value read as: autostart = True
2019-06-19 19:10:55,491 DEBUG Config value read as: notifications = True
2019-06-19 19:10:55,491 DEBUG Config value read as: theme = False
2019-06-19 19:10:55,492 DEBUG Config value read as: fmextensions = True
2019-06-19 19:10:55,494 DEBUG Config value read as: daemons = /home/dmitriy/.config/yandex-disk/config.cfg
2019-06-19 19:10:55,496 INFO Config read: /home/dmitriy/.config/yd-tools/yandex-disk-indicator.conf
(yandex-disk-indicator:22808): Gtk-WARNING **: 19:10:55.538: Theme parsing error: gtk.css:68:35: The style property GtkButton:child-displacement-x is deprecated and shouldn't be used anymore. It will be removed in a future version
(yandex-disk-indicator:22808): Gtk-WARNING **: 19:10:55.538: Theme parsing error: gtk.css:69:35: The style property GtkButton:child-displacement-y is deprecated and shouldn't be used anymore. It will be removed in a future version
(yandex-disk-indicator:22808): Gtk-WARNING **: 19:10:55.538: Theme parsing error: gtk.css:73:46: The style property GtkScrolledWindow:scrollbars-within-bevel is deprecated and shouldn't be used anymore. It will be removed in a future version
2019-06-19 19:10:55,657 DEBUG Config value read as: auth = /home/dmitriy/.config/yandex-disk/passwd
2019-06-19 19:10:55,657 INFO Config read: /home/dmitriy/.config/yandex-disk/config.cfg
/usr/bin/yandex-disk-indicator:596: PyGTKDeprecationWarning: Using positional arguments with the GObject constructor has been deprecated. Please specify keyword(s) for "parent, flags, message_type, buttons, message_format" or use a class specific constructor. See: https://wiki.gnome.org/PyGObject/InitializerDeprecations
_('Yandex.Disk Indicator: daemon start failed'))
/usr/bin/yandex-disk-indicator:596: PyGTKDeprecationWarning: The keyword(s) "message_format" have been deprecated in favor of "text" respectively. See: https://wiki.gnome.org/PyGObject/InitializerDeprecations
_('Yandex.Disk Indicator: daemon start failed'))
Daemon is not configured
Вывод сервиса самого Яндекс.Диска:
$ yandex-disk status --dir=/home/dmitriy/downloads/Yandex.Disk
Статус синхронизации: 720.77 MB/ 2.63 GB (26 %)
Статус ядра синхронизации: синхронизация
...
Устанавливал с ppa:slytomcat/ppa, операционная система Kubuntu 19.04.
Буду очень благодарен за помощь в решении этой проблемы.
- Печать
Страницы: 1 … 115 116 [117] 118 119 … 122 Вниз
Тема: Плагины/индикаторы для индикации статуса синхронизации с Yandex-disk (Прочитано 260360 раз)
0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.
Sly_tom_cat
gi — это питоновская библиотека графического интерфейса. Она на столько стандартная, что я вот с наскоку даже не скажу как ее доставить…. В Ubuntu она идет «в коробке» поэтому для пакета для Ubuntu в зависимостях ее нет.
Пользователь добавил сообщение 01 Декабря 2019, 20:36:40:
в Ubuntu это python3-gi.
« Последнее редактирование: 01 Декабря 2019, 20:36:40 от Sly_tom_cat »
d2048
Здравствуйте
поставил yd-tools
> sudo apt-get install yd-toolsпробую
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
The following additional packages will be installed:
python3-pyinotify xclip
Suggested packages:
python-pyinotify-doc
The following NEW packages will be installed:
python3-pyinotify xclip yd-tools
0 upgraded, 3 newly installed, 0 to remove and 1 not upgraded.
Need to get 0 B/115 kB of archives.
After this operation, 399 kB of additional disk space will be used.
Do you want to continue? [Y/n] y
sh: 0: getcwd() failed: No such file or directory
sh: 0: getcwd() failed: No such file or directory
sh: 0: getcwd() failed: No such file or directory
Selecting previously unselected package python3-pyinotify.
(Reading database ... 434621 files and directories currently installed.)
Preparing to unpack .../python3-pyinotify_0.9.6-1_all.deb ...
Unpacking python3-pyinotify (0.9.6-1) ...
Selecting previously unselected package xclip.
Preparing to unpack .../xclip_0.12+svn84-4build1_amd64.deb ...
Unpacking xclip (0.12+svn84-4build1) ...
Selecting previously unselected package yd-tools.
Preparing to unpack .../yd-tools_1.11.0_all.deb ...
Unpacking yd-tools (1.11.0) ...
Setting up xclip (0.12+svn84-4build1) ...
Setting up python3-pyinotify (0.9.6-1) ...
Setting up yd-tools (1.11.0) ...
Processing triggers for desktop-file-utils (0.23+linuxmint6) ...
Processing triggers for man-db (2.8.3-2ubuntu0.1) ...
Processing triggers for mime-support (3.60ubuntu1) ...
> yd-toolsнепонятно ))
yd-tools: command not found
> whereis yd-toolsсмотрю туда
yd-tools: /usr/share/yd-tools
/usr/share/yd-toolsвопрос: почему от рута? что я не так сделал?
> ll
total 32
drwxr-xr-x 5 root root 4096 Dec 4 21:45 ./
drwxr-xr-x 338 root root 12288 Dec 4 21:45 ../
drwxr-xr-x 5 root root 4096 Dec 4 21:45 fm-actions/
drwxr-xr-x 4 root root 4096 Dec 4 21:45 icons/
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Dec 4 21:45 translations/
-rwxr-xr-x 1 root root 2299 Jun 21 01:36 ya-setup*
сам демон яндекса живой (токен делает нормально) под пользователем.
« Последнее редактирование: 04 Декабря 2019, 22:56:58 от d2048 »
Sly_tom_cat
d2048, а у вас в меню иконка запуска индикатора разве не появилась (в разделе «интернет»)?
Запускать нужно не yd-tools, а yandex-disk-indicator (он и прописан в меню).
Файлы устанавливаются в системные каталоги, в процессе выполнения sudo apt-get isudo apt-get. А так как apt запущен под рутом — то и файлы все от рута. И это — правильно. Так все программы устанавливаются. Что не мешает запускать их из под обычного пользователя.
Запускать индикатора (как и демон яндекса) нужно под обычным пользователем (не под рутом).
d2048
Да, это я перемудрил. Иконка есть, конфигурится и запускается. Извините))
Попутно спрошу — есть ли возможность работы для нескольких яндекс аккаунтов? Если да, то как?
Заранее спасибо.
Sly_tom_cat
« Последнее редактирование: 04 Декабря 2019, 23:50:10 от Sly_tom_cat »
d2048
Чтото я туплю сегодня.
Спасибо Вам большое
Renesis
gi — это питоновская библиотека графического интерфейса. Она на столько стандартная, что я вот с наскоку даже не скажу как ее доставить…. В Ubuntu она идет «в коробке» поэтому для пакета для Ubuntu в зависимостях ее нет.
Пользователь добавил сообщение 01 Декабря 2019, 20:36:40:
в Ubuntu это python3-gi.
Python-gi и Python3-gi обе установлены. Версия 3.34.0.3 Пробовал переустановить — результат тот же.
Что еще можно попробовать?
Sly_tom_cat
Если
Python-gi и Python3-gi обе установлены. Версия 3.34.0.3
но продолжает писать
File «/usr/bin/yandex-disk-indicator», line 26, in <module>
from gi import require_version
ModuleNotFoundError: No module named ‘gi’
То у меня вообще нет идей… 
Тут бы дебинщиков поспрашивать, просто знаю что индикатор на debian многие ставили…
Renesis
Вот тут то и интересно… И я его ставил и он работал без проблем. В общем то через него и настраивал яндекс диск изначально. А вот пару месяцев назад просто перестал включатся 
т.к. включаю не часто не могу связать с каким-то конкретным событием… может какое-то обновление что-то заменило… Можешь подсказать какой полный список пакетов и их версий должен быть чтобы проверить все ли на месте?
Sly_tom_cat
tty2
Приветствую.
Есть несколько предложений по индикатору:
- Многопользовательский режим — несколько учетных записей с разными папками
- Заменить диалоги настройки на визард.
- Есть баг с двойным запуском настройки — после нажатия ОК на диалоге «Авторизация» начальный диалог не скрывается. После нажатия Отмена на начальном диалоге и перезапуске индикатора снова открывается диалог настройки. Xubuntu 18.04, 16.04.
- При ошибке выводить техническую информацию и кнопку повторить или когда будет следующая попытка синхронизации.
Rootdiv
Многопользовательский режим — несколько учетных записей с разными папками
Так есть же. В первом посте темы FAQ
Ubuntu Mate 22.04.1 64 bit
Sly_tom_cat
Многопользовательский режим — несколько учетных записей с разными папками
Уже есть.
Заменить диалоги настройки на визард.
Не совсем понял что именно там не как визард? Последовательно задаются вопросы — чем это не визард или я както не так этот термин интерпретирую!?
Есть баг с двойным запуском настройки — после нажатия ОК на диалоге «Авторизация» начальный диалог не скрывается. После нажатия Отмена на начальном диалоге и перезапуске индикатора снова открывается диалог настройки. Xubuntu 18.04, 16.04.
Ничего не понял: что за двойной запуск настройки? Что именно там глючит — не понял….
Собственно диалоги/визард настройки писал другой человек, и хотя я там уже немного правил — но это банальный bash + zenity. Можете сами посмотреть что там и как — может предложите что именно поправить.
При ошибке выводить техническую информацию и кнопку повторить или когда будет следующая попытка синхронизации.
Синхронизация не попытками — она там по двум событиям
— что-то появилось на диске в облаке
— что-то изменилось на локальном диске в папке синхронизируемой с облаком.
Ошибка и так выводится в статусе и можно посмотреть в полном выводе (клик по статусу). А когда дергать синхронизацию — это рулит демон яндекса, а не индикатор.
Так что по этому предложению — тоже не очень понимаю суть.
Но в любом случае благодарю за предложения, если поможете раскрыть детали — то будет еще лучше.
tty2
Отправил PR с исправлениями, в т.ч. при неверном пароле приходилось заново проходить диалоги настройки.
что именно там не как визард?
Диалоги zenity выглядят разношерстно, когда первый раз запустил подумал что произошла ошибка. В идеале надо вместо них показывать одну форму подобно популярным инсталляторам «Далее-Далее».
двойной запуск настройки
Было так:
- Запустил Индикатор через меню приложений, открылся диалог Daemon start failed
- Нажал ОК, прошел диалоги конфигурации
- После вывода «токен сохранен» нажал Отмена
- Диалог Daemon start failed остался открытым, нажал OK
ФР: индикатор не запустился, при повторном запуске из меню снова открывается диалог Daemon start failed.
ОР: индикатор запускается после успешной авторизации.
Заменил в кейсе с успешной авторизацией диалог на уведомление, возможно быть проблема была в нажатии кнопки Отмена на этом диалоге (п.3).
Пользователь добавил сообщение 12 Января 2020, 10:14:07:
двойной запуск настройки
Удалось получить кейс.
Если в процессе настройки задавать кастомный путь к папке синхронизации то после запуска индикатора из меню приложений и прохода по диалогам конфигурации файл .config/yandex-disk/config.cfg содержит строки
# Yandex.Disk directory.
#dir=/path/to/sync/dir
Диалог daemon start failed появляется повторно и сообщает о Error option dir is missing
« Последнее редактирование: 12 Января 2020, 10:14:07 от masterworks »
Sly_tom_cat
Не понял, а зачем было в последнем окне жать отмену?
Нажали отмену и тем сообщили из утилиты настройки индикатору что настройка демона не была произведена. Индикатор, что логично, и не стал пытаться запускать демона, раз утилита сообщила что он не настроен. Тут все логично, не вижу в чем проблема.
Нажали бы ОК — индикатор прочитал бы созданный конфиг и попробовал бы запустить демона.
Может есть смысл на последнем сообщении просто убрать кнопку отмены. Там в ней нет смысла.
Если в процессе настройки задавать кастомный путь к папке синхронизации то после запуска индикатора из меню приложений и прохода по диалогам конфигурации файл .config/yandex-disk/config.cfg содержит строки
Код: [Выделить]
# Yandex.Disk directory.
#dir=/path/to/sync/dirДиалог daemon start failed появляется повторно и сообщает о Error option dir is missing
Ну это у вас конфиг, который создает демон по умлолчанию.
Не совсем уловил что именно и как вы делали, можно подробнее по командам?
Пользователь добавил сообщение 13 Января 2020, 11:12:29:
По поводу PR отписал замечания на github
« Последнее редактирование: 13 Января 2020, 11:12:29 от Sly_tom_cat »
- Печать
Страницы: 1 … 115 116 [117] 118 119 … 122 Вверх
Привет.
Собств. решил установить ЯД на Дебиан, и тут очень много вопросов возникло. 
1. Я никогда не ставил этот ЯД, ни на одну систему, и поэтому не имею опыта пользования.
В инструкции вроде по русски написано,(https://yandex.ru/support/disk/cli-clients.html) но блин, там нету примеров использования команд.
К примеру, как пользоватся:
--dir=DIR, -d DIR
ЦитироватьУказать каталог для хранения локальной копии Диска. Если его название не было задано при выполнении начальной настройки, по умолчанию будет использоваться каталог ~/Yandex.Disk.
Задаю так
Yandex-disk --dir=/Загрузки/Изображения, -d /Загрузки/Изображения
ЦитироватьОшибка: не указана команда. Используйте команду —help для вывода справки
или setup для запуска мастера первоначальной настройки.
Что пытаюсь сделать: у меня есть папка «Изображения» в котторой хранятся картинки, и «только она» должна автоматически синхронизироваться в облако. Сходу при появления изображений в папке.
И еще вопрос, предположим вот я это всё сделал «стартанул», и где она появится? Гуи же нету, в тунаре чтобы увидеть этот «диск» нужно WebDAV ставить. А без этого как?
Плиз дайте инструкцию, по нормальной настройке этого дела.
и даже так не хочет
yandex-disk --dir=home/мой акк/Изображения/, -d home/мой акк/Изображения/
ЦитироватьОшибка: не указана команда. Используйте команду —help для вывода справки
или setup для запуска мастера первоначальной настройки.
Ubuntu—mate
BunsenLabs—xfce+LiveUSB
Одна ось
Цитата: LD от 23 мая 2017, 16:53:38Задаю так
Тебе надо выбрать один вариант из двух. Либо
--dir=/Загрузки/Изображения либо
-d /Загрузки/Изображения. Указывать два ключа через запятую не нужно. Надеюсь путь /Загрузки/Изображения существует.
Мало видеть нам начало — надо видеть и конец. Если видишь ты создание — значит где-то есть ТВОРЕЦ
Многие жалуются: геометрия в жизни не пригодилась. Ямб от хорея им приходится отличать ежедневно?
То что в первом сообщении, всё сделал. Теперь другая проблема.
Не могу копировать на диск, не хватает прав. Через терминал, менял не менял.. толку никакого. Помогло только «sudо Thunar» и там выставил права, в свойствах папки.
Но эта манипуляция, работает до первой перезагрузки. А после перегрузки опять тоже самое, рут захватывает мой комп)))
Как вот это починить?
drwxr-xr-x 6 root root 552 апр 5 2012 yandex.disk
alsoijw Ну да бывает, не сообразил… .Загрузки/Изображения конечно нету пути.
Ubuntu—mate
BunsenLabs—xfce+LiveUSB
Одна ось
Зря с этой проприетарщиной связываетесь, рекомендую поставить пакет davfs2. И с Я.Диском, и с Г.Драйвом и подобными может работать, потому как основа.
Грубо говоря:
mount -t webdav /ссылка.яндекс /локал.каталог
и работаешь как с каталогом на локальной файлосистеме. Хоть через fstab. Графической морды нет, через шелл/mc/ и прочие файломенеджеры.
Мало видеть нам начало — надо видеть и конец. Если видишь ты создание — значит где-то есть ТВОРЕЦ
Многие жалуются: геометрия в жизни не пригодилась. Ямб от хорея им приходится отличать ежедневно?
Debian 10 KDE
Debian 11 Gnome
yoric Ну в общем, приблизительно так и сделал. 
alsoijw Там картинки для убунты, с Юнити. +Наутилус. У меня этого ничего — нет.
Короче система такая, после пуска компьютера.
mount -t davfs https://webdav.yandex.ru yandex.disk
chmod ххх yandex.disk
Почему он не запоминает «права», остаётся вопросом.
А в целом решено.
mexx Мне хочется чтобы в «папке» оно было.
Ubuntu—mate
BunsenLabs—xfce+LiveUSB
Одна ось
У меня в fstab такая строка:
https://webdav.yandex.ru /home/globus/mia/mnt/ya.disk davfs user,uid=globus,gid=globus,noauto 0 0
Находясь в /home/globus/mia/mnt/, пишу
mount ya.disk и вуаля. С правами всё нормально. Отмонтируется так же.
И в ~/.davfs2/secrets
/локальный/каталог логин-на-яндексе пароль
Если в fstab изменить noauto на auto, будет вообще на полном автомате.
спс конечно за такую инструкцию)
Один раз там начало соединятся, и не получилось(авторизовать). А в другое разы просто говорит:
mount: can't find /home/мой акк/yandex.disk in /etc/fstab
вроде верно подправил
fstab
https://webdav.yandex.ru /home/мой акк/mnt/yandex.disk davfs user,uid=мой акк,gid=мой акк,noauto 0 0
secrets
https://webdav.yandex.ru/ логин(без собаки и без яндекс.ру) пароль.
И да у меня это называется «yandex.disk»
Cообщение объединено 25 Мая 2017, 01:58:37
Вроде автоматизировал это дело, путем подправки файла /etc/fstab
Т.е задаю
cd /mnt/
mnt$sudo mount yandex.disk
sudo mount yandex.disk
Please enter the password to authenticate user "мойяндексакк" with server
https://webdav.yandex.ru or hit enter for none.
Password:
Почему он не видит пароль, который указан в файле secrets? С логином то всё ок.
Может дело в том что пароль начинается с символа # ?
выглядит так:
/home/мой акк/mnt/yandex.disk мойяндексакк #такойпароль.
Ubuntu—mate
BunsenLabs—xfce+LiveUSB
Одна ось
Не нать от рута монтировать, он пароль у рута ищет в secrets, в fstab позволено юзеру — user.
Мало видеть нам начало — надо видеть и конец. Если видишь ты создание — значит где-то есть ТВОРЕЦ
Многие жалуются: геометрия в жизни не пригодилась. Ямб от хорея им приходится отличать ежедневно?
Цитата: yoric от 25 мая 2017, 08:15:33
Не нать от рута монтировать, он пароль у рута ищет в secrets, в fstab позволено юзеру — user.
а без рута вообще не работает
:~/mnt$ mount yandex.disk
/sbin/mount.davfs: program is not setuid root
:~/mnt$
ЦитироватьЧто thunar не поддержиывает подключение дисков?
Ну может я не нашел, а вообще похоже что только через «адресную строку».
Ubuntu—mate
BunsenLabs—xfce+LiveUSB
Одна ось
Надо ввести себя в группу davfs2.
$ ls -l `which mount.davfs` Не помню, то ли сам делал, то ли само сделалось…
-rwsr-xr-x 1 root root 126576 авг 25 2014 /usr/sbin/mount.davfs
Чтобы это значило?
:~/mnt$ ls -l `which mount.davfs`
итого 4
drwxr-xr-x 2 мойакк мойакк 4096 май 24 19:10 yandex.disk
============
Нашел команду
sudo usermod -aG davfs2 "USER"
но это для убунты. а для дебиана подходит?
======
Короче сделал по инструкции из инета
:~/mnt$ sudo usermod -aG davfs2 мойакк
:~/mnt$ mount yandex.disk
/sbin/mount.davfs: user мойакк must be member of group davfs2
:~/mnt$
Говорит нету в группе меня… может перегрузить комп?
===
Перегрузил комп
:~$ cd mnt
:~/mnt$ mount yandex.disk
Please enter the password to authenticate user мойяндексакк with server
https://webdav.yandex.ru or hit enter for none.
Password:
/sbin/mount.davfs: Mounting failed.
Could not authenticate to server: rejected Basic challenge
:~/mnt$
пароля нету.
Ubuntu—mate
BunsenLabs—xfce+LiveUSB
Одна ось
Права на ~/mnt какие? Небось root:root? Надо свои. И на все прочие файлы права проверьте. В общем, основное направление верное, где-то мелочь мешает. Воплощайте))
Windows Server 2003R2, Windows XP Pro SP3 workstations.
We are in the process of decommissioning a defective server and have moved the printing services over to another server. All printers have been installed (drivers only) on the server, and appear in Active Directory under the Find… Printers dialog.
The old server can also find them on this server with the Add Printer / Find Printers dialog in the normal way, as can the server itself.
None of the workstations can, however. If I go to Printers and Faxes, then Add Printer > Find a printer in the directory > Next, there is a long delay, then the name of our local domain comes up in the «In:» box, but «Entire Directory» is not given
as an option. If I try «Browse» next to the In: box, Entire Directory shows with the local domain below it, but Entire Directory cannot be selected (the OK button greys out).
If I select the local domain in either view and click Find Now, again there is a long delay, and nothing is found.
If instead of searching in the directory I try to browse for a printer, after a long delay, in the Shared printers box, the server is found, and if I click it, there is a short delay but nothing appears to happen. If I put in the name \serverprinter in
the Printer: slot (the name appears even before I have finished typing it in, along with all the printers on that server in a dropdown list) and click Next, a «Connect to server.local.domain» box comes up. I put in my (admin) name and password and after a
long delay the option to set it as a default printer comes up and I can add it.
Edit: that workstation was not logged on to the domain; if I try it with a logged-in workstation, after putting in \serverprinter and clicking Next, I can connect to the printer satisfactorily.
My question is, what has happened to «Entire Directory» and why can’t I just use the Find Now button as I normally do?
Alphatucana http://www.alphatucana.co.uk/ http://www.websitetavern.com/
-
Edited by
Tuesday, December 20, 2011 2:24 PM
Команды и параметры
Команды
Для работы с клиентом используются следующие команды:
Дополнительные параметры [OPTION]
Указать файл конфигурации. По умолчанию используется файл config.cfg в каталоге
Указать каталог для хранения локальной копии Диска. Если его название не было задано при выполнении начальной настройки, по умолчанию будет использоваться каталог
—auth=FILE, -a FILE
Указать файл с данными авторизации. По умолчанию используется файл passwd , который создается с помощью команды token или мастера начальной настройки и хранится в каталоге
Не синхронизировать указанные каталоги. Чтобы настройка действовала всегда, каталоги необходимо добавить в список исключений exclude-dirs в файле config.cfg . Чтобы настройка действовала корректно, названия исключаемых директорий нужно перечислять через запятую, без пробелов.
Запретить изменение файлов на сервере Диска и выполнить синхронизацию только в локальной копии. При возникновении конфликтов синхронизации локальные файлы будут переименованы. Если дополнительно указан параметр —overwrite , локальные файлы будут перезаписаны.
При синхронизации с сервером разрешить перезапись изменений, сделанных в локальной копии Диска. Используется вместе с параметром —read-only .
Запустить демон без возврата управления в консоль. Чтобы вернуть управление, демон необходимо остановить, запустив в другой консоли команду yandex-disk stop или закрыв текущую консоль.
Если используется этот параметр, приложение не читает файл конфигурации. Поэтому все необходимые настройки нужно вводить через командную строку. Так, параметру exclude-dirs соответствует аргумент —exclude-dirs .
Настроить прокси-сервер. Допустимые параметры:
Источник
plot_dir option missing (duplicate output_dir) #217
Comments
Hey,
While using CheckM (Installed via Conda v1.0.16), I wanted to take a look at the plots it can provide, but im getting this exception for the plot commands.
It seems like one of the two output_dir arguments should be the plot_dir argument. Changing the second one fixes the exception for me.
Lines 327 to 331 in 64cab7f
| plot_need_qa_results_parser . add_argument ( ‘output_dir’ , help = «directory specified during qa command» ) |
| plot_parser = argparse . ArgumentParser ( add_help = False ) |
| plot_parser . add_argument ( ‘bin_dir’ , help = «directory containing bins to plot (fasta format)» ) |
| plot_parser . add_argument ( ‘output_dir’ , help = «directory to hold plots» ) |
Have a nice day. 😃
The text was updated successfully, but these errors were encountered:
In codingDensityPlots.py/markerGenePosPlot.py there is still an old reference to out_folder:
gffFile = os . path . join ( self . options . out_folder , ‘bins’ , binIdFromFilename ( fastaFile ), DefaultValues . PRODIGAL_GFF )
This should be analyze_dir?
geneFile = os . path . join ( self . options . out_folder , ‘bins’ , binId , DefaultValues . PRODIGAL_AA )
This should be output_dir?
Thank you for bringing this to my attention. These issues should be resolved in v1.0.17.
I have the same problem.
AttributeError: ‘Namespace’ object has no attribute ‘plot_dir’
Ok, I upgraded to 1.0.17, and now I got another error and I figure out, the help is inverted:
checkm bin_qa_plot -x .fa qc_checkm_bins_metabat/ all_samples_filtered.fa.metabat-bins plots
[2019-08-11 08:51:49] INFO: CheckM v1.0.17
[2019-08-11 08:51:49] INFO: checkm bin_qa_plot -x .fa qc_checkm_bins_metabat/storage/ all_samples_filtered.fa.metabat-bins plots
[2019-08-11 08:51:49] INFO: [CheckM — bin_qa_plot] Creating bar plot of bin quality.
[2019-08-11 08:51:49] ERROR: Input file does not exists: plots/bin_stats_ext.tsv
In the help, so far I understood, should be first argument output of checkM, and last argument the plots output folder, but this fails and running the inverted, it works .
checkm bin_qa_plot -x .fa plots all_samples_filtered.fa.metabat-bins qc_checkm_bins_metabat/
[2019-08-11 08:52:23] INFO: CheckM v1.0.17
[2019-08-11 08:52:23] INFO: checkm bin_qa_plot -x .fa plots all_samples_filtered.fa.metabat-bins qc_checkm_bins_metabat/
[2019-08-11 08:52:23] INFO: [CheckM — bin_qa_plot] Creating bar plot of bin quality.
[2019-08-11 08:52:23] INFO: Calculating AAI between multi-copy marker genes.
[2019-08-11 08:58:33] INFO: Plot written to: qc_checkm_bins_metabat/bin_qa_plot.png
It seems to work, but saving the plots not in the plot output folder, in there, just a log file
Hey,
Refactoring dict keys is always so much fun . , there are still two items, which got the wrong name:
Created a small pull request:
#218
@rcuadrat Your first command (the old argument order) still works, just a small fix is missing. You can fix those lines I changed in my pull request yourself in /lib/python2.7/site-packages/checkm/main.py
Thanks for the PR. I am releasing v1.0.18 with this fix now.
Great! Thanks guys!!
My workflow now completes without issues, Thanks 💪
Hi, i am trying to run following commands and i encountered this error — can you please share script ?
**checkm gc_plot ./bins ./plots 95
[2022-04-21 17:12:06] INFO: CheckM v1.1.9
[2022-04-21 17:12:06] INFO: checkm gc_plot ./bins ./plots 95
[2022-04-21 17:12:06] INFO: CheckM data: /home/bvs/anaconda3/envs/myenv/checkm_data
[2022-04-21 17:12:06] INFO: [CheckM — gc_plot] Creating GC histogram and delta-GC plot.
Источник
«запуск сервиса не удался» хотя сервис успешно работает #209
Comments
Индикатор выдаёт сообщение о том, что запуск сервиса не удался, хотя сервис успешно работает. Предварительно с помощью этого приложения настроил клиент, ошибок не выводилось.
Скриншот сообщения об ошибке — 
Вывод сервиса самого Яндекс.Диска:
Устанавливал с ppa:slytomcat/ppa , операционная система Kubuntu 19.04.
Буду очень благодарен за помощь в решении этой проблемы.
The text was updated successfully, but these errors were encountered:
А для чего у вас в запросе статуса демона указан каталог синхронизации (—dir=/home/dmitriy/downloads/Yandex.Disk) ?
Предположительно у вас как-то нестандартно настроен демон.
Покажите пожалуйста что у вас в
А для чего у вас в запросе статуса демона указан каталог синхронизации
Потому что иначе status не показывается:
Насчёт настройки демона — настраивал через GUI этого же приложения, вот конфиг:
Указал параметр dir в конфиге — индикатор запустился корректно и показывает статус. И теперь status работает и без параметра dir . Похоже при настройке через GUI что-то пошло не так.
Да, видимо GUI настройщик нахимичил. Стандартный (CLI) настройщик yandex-disk setup конфиг создает обязательно включая в него значение dir. А индикатор читает этот dir (он в работе нужен) и если его нет, то считает что демон не настроен.
Хм. попробовал. воспроизвести не удалось.
на втором шаге выбираю «Выбрать существующую папку», затем в диалоге выбираю существующуюю папку, и в конфиг все нормально записывается — в dir — та папка что я на 3-м шаге указал.
Попробуйте запустить
$ /usr/share/yd-tools/ya-setup /home/$USER/.config/yandex-disk/_____config.cfg
и пройдитесь по шагам так как вы делали при настройке в первый раз — опишите что делали и покажите содержимое
/.config/yandex-disk/_____config.cfg потом можно будет удалить.
Запустил /usr/share/yd-tools/ya-setup /home/$USER/.config/yandex-disk/_____config.cfg , далее по шагам:
- Указал не использовать прокси-сервер.
- Выбрал существующую папку.
- Ввёл путь к файлу токена, вернее оставил как есть.
- Ввёл логин и пароль.
- Получил сообщение что токен сохранён.
- Программа завершила работу.
Заметил что конфиг созданный существенно отличается от того что был у меня, комментов тех же нет, хотя конечно тут дира задана.
И я начал кое-что вспоминать. До yd-tools я ставил ya-gui, проверил, он на самом деле создаёт конфиг с такой же структурой и комментариями какие у меня были в первом комментарии где я постил конфиг.
Убедившись что конфиг создан, я снова запустил yd-tools, через меню KDE. Ожидаемо он сообщил что запуск сервиса не удался и я повторил настройки по пунктам приведённым выше. Теперь запуск сервиса удался и конфиг заменился на типичный для yd-tools без комментариев и т.д.
Теперь я даже не знаю, вроде воспроизвёл всё как было, ошибка не повторяется. Единственно что могу сказать — может стоит указывать почему запуск сервиса не удался, параметра там какого не хватает или что, потому что будь я менее настойчивым у меня может ничего вообще и не заработало при текущей ситуации.
Источник
plot_dir option missing (duplicate output_dir) #217
Comments
Hey,
While using CheckM (Installed via Conda v1.0.16), I wanted to take a look at the plots it can provide, but im getting this exception for the plot commands.
It seems like one of the two output_dir arguments should be the plot_dir argument. Changing the second one fixes the exception for me.
Lines 327 to 331 in 64cab7f
| plot_need_qa_results_parser . add_argument ( ‘output_dir’ , help = «directory specified during qa command» ) |
| plot_parser = argparse . ArgumentParser ( add_help = False ) |
| plot_parser . add_argument ( ‘bin_dir’ , help = «directory containing bins to plot (fasta format)» ) |
| plot_parser . add_argument ( ‘output_dir’ , help = «directory to hold plots» ) |
Have a nice day. 😃
The text was updated successfully, but these errors were encountered:
In codingDensityPlots.py/markerGenePosPlot.py there is still an old reference to out_folder:
gffFile = os . path . join ( self . options . out_folder , ‘bins’ , binIdFromFilename ( fastaFile ), DefaultValues . PRODIGAL_GFF )
This should be analyze_dir?
geneFile = os . path . join ( self . options . out_folder , ‘bins’ , binId , DefaultValues . PRODIGAL_AA )
This should be output_dir?
Thank you for bringing this to my attention. These issues should be resolved in v1.0.17.
I have the same problem.
AttributeError: ‘Namespace’ object has no attribute ‘plot_dir’
Ok, I upgraded to 1.0.17, and now I got another error and I figure out, the help is inverted:
checkm bin_qa_plot -x .fa qc_checkm_bins_metabat/ all_samples_filtered.fa.metabat-bins plots
[2019-08-11 08:51:49] INFO: CheckM v1.0.17
[2019-08-11 08:51:49] INFO: checkm bin_qa_plot -x .fa qc_checkm_bins_metabat/storage/ all_samples_filtered.fa.metabat-bins plots
[2019-08-11 08:51:49] INFO: [CheckM — bin_qa_plot] Creating bar plot of bin quality.
[2019-08-11 08:51:49] ERROR: Input file does not exists: plots/bin_stats_ext.tsv
In the help, so far I understood, should be first argument output of checkM, and last argument the plots output folder, but this fails and running the inverted, it works .
checkm bin_qa_plot -x .fa plots all_samples_filtered.fa.metabat-bins qc_checkm_bins_metabat/
[2019-08-11 08:52:23] INFO: CheckM v1.0.17
[2019-08-11 08:52:23] INFO: checkm bin_qa_plot -x .fa plots all_samples_filtered.fa.metabat-bins qc_checkm_bins_metabat/
[2019-08-11 08:52:23] INFO: [CheckM — bin_qa_plot] Creating bar plot of bin quality.
[2019-08-11 08:52:23] INFO: Calculating AAI between multi-copy marker genes.
[2019-08-11 08:58:33] INFO: Plot written to: qc_checkm_bins_metabat/bin_qa_plot.png
It seems to work, but saving the plots not in the plot output folder, in there, just a log file
Hey,
Refactoring dict keys is always so much fun . , there are still two items, which got the wrong name:
Created a small pull request:
#218
@rcuadrat Your first command (the old argument order) still works, just a small fix is missing. You can fix those lines I changed in my pull request yourself in /lib/python2.7/site-packages/checkm/main.py
Thanks for the PR. I am releasing v1.0.18 with this fix now.
Great! Thanks guys!!
My workflow now completes without issues, Thanks 💪
Hi, i am trying to run following commands and i encountered this error — can you please share script ?
**checkm gc_plot ./bins ./plots 95
[2022-04-21 17:12:06] INFO: CheckM v1.1.9
[2022-04-21 17:12:06] INFO: checkm gc_plot ./bins ./plots 95
[2022-04-21 17:12:06] INFO: CheckM data: /home/bvs/anaconda3/envs/myenv/checkm_data
[2022-04-21 17:12:06] INFO: [CheckM — gc_plot] Creating GC histogram and delta-GC plot.
Источник
Why you get cp: omitting directory error in Linux and how to solve
Linux cp command allows you to copy files and directories. By default, it works on file only. When you try to copy a directory, you get the cp: -r not specified; omitting directory error on the terminal.
Please enable JavaScript
Let’s reproduce the error.
Copy a file from src_file.txt to /home/imaginelinux/dest_dir folder.
This works fine for files.
Now, let’s run the command for the directory and see what happens. Copy a directory from src_dir to desk_dir.
What is wrong with the copy command? Why is the error message cp omitting directory?
cp omitting directory error solution
cp: omitting directory error tells that directories are not copied as the cp command by default works on the files only. Simply, use the cp command with -r or -R (recursive) as an argument to resolve cp: omitting directory error.
The cp command – r or -R (recursive) option, allows you to copy directories/subdirectories recursively.
Now let’s again run the copy command now with the – r option.
Now you can see the command worked fine and directories along with contents are also copied.
Summary
Linux cp command is very useful and powerful. By default, it works on files only. You need to use the -r or -R option to copy directories otherwise, you will get omitting directory error.
I hope you found this article helpful. Please share and subscribe.
Источник