Error termination via lnk1e in - Исправление ошибок и поиск оптимальных решений проблем

Форум химиков

GAUSSIAN программа

Сообщение Йилка_Новогодня » Ср окт 13, 2010 12:20 am

Re: GAUSSIAN программа

Сообщение Droog_Andrey » Ср окт 13, 2010 6:30 pm

Посчитать энергии заслонённой и заторможенной конформаций и вычислить разницу.

Как находить конформации — см. в соседней теме: viewtopic.php?f=11&t=54931

Re: GAUSSIAN программа

Сообщение Йилка_Новогодня » Пт окт 15, 2010 8:43 pm

Re: GAUSSIAN программа

Сообщение Love » Чт окт 21, 2010 12:07 pm

Добрый день.
Несколько вопросов по программе Gaussian. Создавать отдельную тему, наверно, не имеет смысла.

Проблема состоит в том, что при расчете периодичной структуры (B3LYP, 6-31, k=3) выводится ошибка:
——————— ATTENTION———————
Total charge is not ZERO — -0.002902253251
——————— ATTENTION———————

There is a problem with the total charge.

Объясните пожалуйста, из-за чего данная ошибка может возникать и как с ней бороться?

Если бы составляющие тела человека разбить на многообразные химические элементы, их бы общая стоимость составила бы 22,80 доллара США.

ХИМИЯ НЕ КРУГОМ НАС, А ВНУТРИ НАС.

Re: GAUSSIAN программа

Сообщение Droog_Andrey » Чт окт 21, 2010 7:42 pm

Re: GAUSSIAN программа

Сообщение Love » Пт окт 22, 2010 10:18 am

ХИМИЯ НЕ КРУГОМ НАС, А ВНУТРИ НАС.

Re: GAUSSIAN программа

Сообщение Droog_Andrey » Чт окт 28, 2010 11:04 am

Re: GAUSSIAN программа

Сообщение Love » Пт окт 29, 2010 2:48 pm

ХИМИЯ НЕ КРУГОМ НАС, А ВНУТРИ НАС.

Re: GAUSSIAN программа

Сообщение VTur » Пт окт 29, 2010 3:00 pm

Re: GAUSSIAN программа

Сообщение Droog_Andrey » Пт окт 29, 2010 8:41 pm

VTur, не малликеновский.

Re: GAUSSIAN программа

Сообщение Neitrino » Вс ноя 07, 2010 12:36 pm

Уменя такой вопрос.
Я считаю молекулу ацетилена DFT/rb3lyp/6-31G(d,p) M=1.
1. Почему программа выдает The largest alpha MO coefficient is 0.1511D+02?
2. Это связано с выбранным базисом?
3. И как это исправить?

Re: GAUSSIAN программа

Сообщение o-oxhem » Вс ноя 07, 2010 5:17 pm

Re: GAUSSIAN программа

Сообщение Neitrino » Ср дек 08, 2010 2:21 pm

На форуме достаточное количество людей, которые работали и продолжают работать на программе Gaussian. Поэтому хочу предложить оказание помощи для молодых ученых, занимающих квантовохимическими расчетами, и делится своими опытами в работе с этой программой. Например, такие как я. Помощь заключается в следующем:

1. Какую комбинацию ключевых слов использовать для выполнения определенных задач. Так как не все ключевые слова можно использовать вместе.
2. Выбор базиса(функционал и др.) для разных классов соединений или в зависимости от элементов периодической системы. Например, я знаю, что гибридный функционал B3LYP дает маленькую погрешность для соединений из элементов 2 периода, для комплексных соединений — большую.
3. Ну и что-то в этом духе.

Re: GAUSSIAN программа

Сообщение Yurii » Ср дек 08, 2010 3:59 pm

Источник

Форум химиков

Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение AlexKsen » Ср авг 03, 2011 6:36 am

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение VTur » Ср авг 03, 2011 7:24 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение AlexKsen » Ср авг 03, 2011 8:02 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение Ferom » Ср авг 03, 2011 8:44 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение AlexKsen » Ср авг 03, 2011 8:59 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение AlexKsen » Чт авг 04, 2011 5:59 am

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение AlexKsen » Чт авг 04, 2011 6:03 am

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение EvgeniX » Чт авг 04, 2011 7:23 am

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение AlexKsen » Чт авг 04, 2011 6:29 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение EvgeniX » Чт авг 04, 2011 8:55 pm

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение AlexKsen » Пт авг 05, 2011 7:00 am

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение EvgeniX » Пт авг 05, 2011 8:12 am

Re: Ошибка #2070 в Gaussian 09W

Сообщение sanya1024 » Пт авг 05, 2011 1:12 pm

И снова структура какая-то странная. Какой-то отдельно валяющийся метил (атомы 1-4) — видимо, его надо присобачить к атому 46. Атомы 137-144 вообще непонятно от чего (удалить их на фиг!). А заряды и мультиплетности в порядке? комплекс должен быть анионным с зарядом -2? или лишние отрицательные заряды возникали от болтающихся в пространстве ни к чему не приделанных атомов?

Удивительно, что GaussView и HC не показали, что там что-то не так. Смотрите внимательнее.

Да, комплекс здоровенный, Гауссиан его может просто не потянуть.

Источник

Форум химиков

Проблема при расчёте (с базисом?) — объясните, кто знает

Сообщение Reizen » Ср дек 09, 2009 2:30 pm

Подскажите, пожалуйста, что-нибудь по такой проблеме — расчёт органически молекул с «включениями» (вроде тех, где атомы и молекулы помещены внуть «шарика» фуллерена) в расширенных базисах выдаёт такое вот сообщение (непосредственно перед сортировкой орбиталей по симметрии — до начала самосогласования электронного уравнения):

STATISTICS FOR GENERATION OF SYMMETRY ORBITAL -Q- MATRIX
NUMBER OF CARTESIAN ATOMIC ORBITALS= 1232
NUMBER OF SPHERICAL CONTAMINANTS DROPPED= 0
NUMBER OF LINEARLY DEPENDENT MOS DROPPED= 38
TOTAL NUMBER OF MOS IN VARIATION SPACE= 1194

THE INPUT BASIS SET CONTAINS APPROXIMATE LINEAR DEPENDENCE.
THE SMALLEST EIGENVALUE OF THE OVERLAP MATRIX IS 1.705141E-09
THERE ARE 38 EIGENVALUES LESS THAN QMTTOL= 1.00E-05
EIGENVECTORS BELOW -QMTTOL- ARE DROPPED FROM THE MO SPACE,
IN ORDER TO ELIMINATE THE APPROXIMATE LINEAR DEPENDENCE.

THIS WILL MOST LIKELY CHANGE THE ENERGY ON THE ORDER OF TENS OF MICROHARTREES,
DEPENDING ON THE NUMBER OF ORBITALS REMOVED. THE VALUE OF QMTTOL CAN BE
CHANGED IN $CONTRL: JOBS WITH EIGENVALUES BELOW 1.0E-07 PROBABLY WON’T
CONVERGE. EIGENVALUES BETWEEN 1.0E-07 AND 1.0E-06 MAY REQUIRE LOOSENING OF
THE DENSITY CRITERION (CONV IN $SCF), MORE ACCURATE INTEGRAL EVALUATION
(ICUT=11 IN $CONTRL), MORE ACCURATE DIRECT SCF FOCK MATRIX
CONSTRUCTION (FDIFF=.FALSE. IN $SCF), OR CHANGING THE SCF CONVERGER
(DIIS=.TRUE. IN $SCF).

Метод — RHF/6-311+G**; в «черновых» базисах (3-21G, 4-31G) при расчёте той же структуры проблем не возникало.

Меня интересует, конечно, всё, что касается этого вопроса, но в первую очередь:

1) объяснение «на пальцах» — в чём заключается эта «линейная зависимость», как предугадать, в каких стурктурах и базисах она бует появляться, а в каких — нет.

2) банальное «что делать?!» Тут необходимо объяснение. Дело в том, что после этого сообщения программа считает электронное уравнение — но решение почти ни в одном случае не сходится (я пробовал несколько родственных соединений, разные методы сходимости. ). Похожая проблема возникает с этими структурами и базисами и в GAUSSIAN, только там никакого подобного сообщения не выдаётся, а просто рапортует об отсутствии сходимости:

(я такие сообщения видел уже десятками — кое-как путём увеличения MaxCycle и VShift в группе SCF результата добиться удаётся! но поступать так постоянно — это, во-первых, медленно, а во-вторых, глупо)

Вот поэтому я хочу узнать «что делать» в общем, а не в применении к конкретной структуре или задаче — может быть, путём тонкой настройки базиса или чего-нибудь ещё вроде редактирования списка орбиталей можно исключить проблему в принципе?

Источник

Форум химиков

Не сходится SCF

Сообщение Vit Nhoc » Вт апр 10, 2018 12:10 pm

Считаю на PBE в разных мультиплетностях от 1 до 19. Многие мультиплетности считаются нормально, но вот например с M=13 ССП не сходится.

Во входном файле задаю:

#P UPBEPBE/6-31G(D,P) SCF(XQC) STABLE(OPT)

В выдаче получаю:

>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UPBE-PBE) = -14244.5061401 A.U. after 65 cycles
NFock= 64 Conv=0.39D-02 -V/T= 2.0017
= 0.0000 = 0.0000 = 6.0000 =43.3477 S= 6.1029
= 0.000000000000E+00
KE= 1.422035435750D+04 PE=-4.948849701290D+04 EE= 1.327156498948D+04
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 43.3477, after 42.2050
Leave Link 502 at Thu Apr 05 20:04:08 2018, MaxMem= 33554432 cpu: 620.0
(Enter C:QuantChemGaussianG09wl508.exe)
Direct SCF.
Tight linear equation convergence will be used.
UPBE-PBE wavefunction.
Quadratic Convergence SCF Method.
Line search only if initial step raises energy.
Integral symmetry usage will be decided dynamically.
ReadGW: IGet=1 IStart= 302 Next= 302 LGW= 0.
Fock matrices will be formed incrementally for 20 cycles.
Density matrix breaks symmetry, PCut= 1.00D-04
Density has only Abelian symmetry.
FoFJK: IHMeth= 1 ICntrl= 500 DoSepK=F KAlg= 0 I1Cent= 0 FoldK=F
IRaf= 790000000 NMat= 1 IRICut= 1 DoRegI=T DoRafI=F ISym2E= 1.
FoFCou: FMM=F IPFlag= 0 FMFlag= 100000 FMFlg1= 0
NFxFlg= 0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
wScrn= 0.000000 ICntrl= 500 IOpCl= 0 I1Cent= 0 NGrid= 0
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
Petite list used in FoFCou.
Iteration 1 EE= -14247.1011362516 Grad=9.603D-01 Max rot= 12.0629 deg.
Gradient too large for Newton-Raphson — use scaled steepest descent instead.
Alpha Gap= 0.119 HL deriv= 6.62D-15
Beta Gap= 0.232 HL deriv= 2.29D-16
ILin= 1 X=0.000D+00 Y=-1.424710113625D+04 DE= 0.00D+00 F= -3.98D+00
Density matrix breaks symmetry, PCut= 1.00D-04
Rerun with SCF=IntRep.
Error termination via Lnk1e in C:QuantChemGaussianG09wl508.exe at Thu Apr 05 20:04:18 2018.
Job cpu time: 0 days 0 hours 10 minutes 33.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 198 Int= 0 D2E= 0 Chk= 43 Scr= 1

Я также пробовал добавить SCF(Fermi) Iop(5/22=5), ничего не поменялось.
Что можно сделать?

Источник

Documentation

Troubleshooting Steps

Check the end of the log file (tail $FILENAME.log)
Check the $FILENAME.err and $FILENAME.out files (cat $FILENAME.{out,err})
Check your email for emails from XSEDE if there are any problems going on with the supercomputer (you might have to check over the course of a few hours).
Check your gjf and job files for obvious errors.
1. Wrong names or paths used in either file
2. Wrong options used in gjf file
  1. Incorrect path for %chk option
  2. Wrong charge/spin specifications
  3. Bad pairings of job options (td and opt, multiple bases or functionals)
Try rerunning the job (This sometimes fixes random errors).
If there is a still a problem, triple check all the files involved ($FILENAME.log, $FILENAME.gjf, $FILENAME.err, $FILENAME.job, $FILENAME.out) and look for anything that seems odd.
If all else fails, try restarting from the begining (rebuild the molecule, job, etc)

Errors

Error

qsub: submit filter returned an error code, aborting job submission.
  Running job as user dlwhee93
Your job will not run
  Invalid project-account number 'ios103' for queue 'normal', valid accounts for user 'dlwhee93' are:
    ung100 on SDSC XSEDE Gordon: all queues (STGGORD)

Problem

This means that one of two things has happened.
1. Your user account is not on the allocation you put in the job file.
2. All the hours on the allocation you put in the job file have been used up.

Fix

Request to get added to the allocation.
Use another allocation that has not been used up.

Error

When submitting a job the following error is returned.

-l nodes=...:ppn=<procs per node>:... is required
qsub: submit filter returned an error code, aborting job submission.

Problem

Sometimes the job files require an added ppn=16 on with the nodes specification (mainly just Trestles).

Fix

This problem can be fixed by adding that option to the job file. This can either be done with a text editor, or with sed.

sed -i $JOBFILE -e 's/nodes=1/nodes=1:ppn=16/'

Error

The supercomputer sent an email with a status code that

which: no g09 in (/opt/gaussian/g09:/opt/gnu/bin:/opt/gnu/gcc/bin:/opt/mvapich2/intel/ib/bin:/opt/intel/composer_xe_2013.1.117/bin/intel64:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/java/latest/bin:/opt/maui/bin:/opt/torque/bin:/opt/torque/sbin:/opt/torque/bin:/opt/torque/sbin:/state/partition1/catalina/bin:/opt/pdsh/bin:/opt/rocks/bin:/opt/rocks/sbin:/home/servers/gordon/bin:/home/dlwhee93/bin:/opt/maui/bin:/opt/torque/bin:/opt/torque/sbin:/opt/torque/bin:/opt/torque/sbin:/state/partition1/catalina/bin:/home/servers/gordon/bin:/home/dlwhee93/bin)

Problem

Gaussian requires that you accept their terms of service before you will be able to use their software, so for each of the supercomputers you will need to accept their terms of service. Without accepting the terms of service the Gaussian module will not load.

Fix

You will need to fill out the required forms for that supercomputer to get access. For example, here is the link for the Blacklight form.

Error

%chk=C:UsersresearchDocumentsMy SugarSyncgjfsoct_010_2.chk
ntrex1

Problem

The %chk specification in the gjf is not correct. The path that is specified there must correspond to a path on the supercomputer (in most cases this should just be the name of the file without any folders).

Fix

Change the %chk to be a proper path (remove the C:Users... part and leave the $FILENAME.chk part)

Error

Post job file processing error; job 1590474.trestles-fe1.sdsc.edu on host trestles-9-10/15+trestles-9-10/14+trestles-9-10/13+trestles-9-10/12+trestles-9-10/11+trestles-9-10/10+trestles-9-10/9+trestles-9-10/8+trestles-9-10/7+trestles-9-10/6+trestles-9-10/5+trestles-9-10/4+trestles-9-10/3+trestles-9-10/2+trestles-9-10/1+trestles-9-10/0Unknown resource type  REJHOST=trestles-9-10.local MSG=invalid home directory '/home/ccollins' specified, errno=2 (No such file or directory)

Problem

Generally, this happens when there is a problem with the supercomputer. In this specific case, the File system on Trestles went bad and there was an email sent out from XSEDE within a few hours saying that there was a problem.

This problem can also be caused by a bad job file.

Fix

Wait and see if XSEDE sends out an email saying that the supercomputer has been fixed. Or if it is the other problem, then check and make sure all the paths/filenames are correct in the job file.

Error

galloc:  could not allocate memory.

Problem

The supercomputer was unable to allocate memory for your current job.

Fix

There are two possible fixes for this problem:
1. Try rerunning the job (this might have to be done multiple times). It seems that sometimes the supercomputer is just unable to allocate memory. This problem can seem to pop up at random.
2. Try lowering the %mem option in the gjf file to a lower number.

Error

Empty log file

Problem

This means that the job had an error before the execution of Gaussian. To get an exact answer to what the problem is you will have to check your email about the job, the $FILENAME.err file, and the $FILENAME.out file. In one of those places it should give you a clue to where the problem might be.

Fix

Fixes for these kind of problems will be completely dependent on what is seen in your email, the $FILENAME.err file, or the $FILENAME.out file.

Error

Aborted by PBS Server
Job exceeded its walltime limit. Job was aborted
See Administrator for help

Initial convergence to 1.0D-05 achieved.  Increase integral accuracy.

Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

Calling FoFJK, ICntrl=      2127 FMM=T ISym2X=0 I1Cent= 0 IOpClX= 0 NMat=1 NMatS=1 NMatT=0.

No special actions if energy rises.

Problem

These sorts of messages are symptomatic of a calculation getting cut off part way through (e.g. reaching the walltime). You will notice that all of these «errors» can be seen inside of a normal log file. This implies that the calculation was cut off while running.

This can also be confirmed by checking your email for for the walltime error message.

Fix

Move the incomplete log files back to your computer from the supercomputer and load them in Gaussian. Then from there save them as new gjfs and resubmit those on the supercomputer.

Error

Error termination via Lnk1e in /opt/gaussian/g09/l401.exe

Problem

If you make the gjf files on windows there is a chance that windows will tack on the windows line endings instead of the ones that are required for unix/linux. This is just a problem of convention differences in the two operating systems. You can see if this is actually the problem if you open one of the gjf files in vim on the supercomputer. If the lines end with a ^M then they will have this problem.

Fix

Run the dos2unix utility to fix all the line endings.

dos2unix $FILENAME

Error

End of file in ZSymb.
Error termination via Lnk1e in /home/diag/opt/gaussian/g09/l101.exe

Problem

Gaussian requires that all the gjf files end with a single blank line for whatever reason. If this condition is not met then it will return this error in the log file.

Fix

Add a newline to the end of the file.

Error

Route card not found.
Error termination via Lnk1e in /usr/local/Dist/g09/l1.exe at Thu Dec 19 17:38:29 2013.

Problem

Gaussian requires that all job files have the route card information line (the line with the #). If that line is not there then it will return an error.

Fix

Add the route card line with the proper parameters.

Error

Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l9999.exe

Problem

When running Gaussian, there are two kinds of ways the job can run for too long. The first is a walltime, the second is when Gaussian reaches the max number of iterations. This is the latter case.

Fix

Just like with a walltime error, move the incomplete log files back to your computer from the supercomputer and load them in Gaussian. Then from there save them as new gjfs and resubmit those on the supercomputer.

Источник

Does somebody know how to resolve the error

Inv3 failed in PCMMkU.
 Error termination via Lnk1e in /g16/g16/l502.exe at Sat Jan 15 19:18:03 2022.

The input is

# opt=modredundant freq m062x/6-31g(d) scrf=(smd,solvent=n-Hexane)
geom=connectivity

[...]

surface=ses

I tried all the surfaces present in Gaussian (WdV, SAS and SES) but all of them returns the same error

This is the output of the log

Atomic radii for non-electrostatic terms: SMD-CDS.
 ------------------------------------------------------------------------------
 Nuclear repulsion after PCM non-electrostatic terms =     3242.6649455991 Hartrees.
 One-electron integrals computed using PRISM.
 NBasis=   514 RedAO= T EigKep=  4.41D-04  NBF=   514
 NBsUse=   514 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=   514
 Lowest energy guess from the checkpoint file:  "chkname.chk"
 B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    1.000000   -0.000006   -0.000001   -0.000002 Ang=  -0.00 deg.
 B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    1.000000    0.000015    0.000003    0.000005 Ang=   0.00 deg.
 Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
 Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
 Requested convergence on             energy=1.00D-06.
 No special actions if energy rises.
 Inv3:  Mode=1 IEnd=    47664588.
 Iteration    1 A*A^-1 deviation from unit magnitude is 1.82D-12 for   2700.
 [...]
 Iteration   10 A*A^-1 deviation from orthogonality  is 2.26D-09 for   2700   1612.
 Iteration   10 A^-1*A deviation from unit magnitude is 2.39D-09 for   2700.
 Iteration   10 A^-1*A deviation from orthogonality  is 3.47D-09 for   2700   1676.
 Inv3 failed in PCMMkU.
 Error termination via Lnk1e in /g16/g16/l502.exe at Sat Jan 15.
 Job cpu time:       8 days  6 hours  4 minutes  3.1 seconds.
 Elapsed time:       0 days  3 hours 25 minutes 24.9 seconds.
 File lengths (MBytes):  RWF=    688 Int=      0 D2E=      0 Chk=     28 Scr=      1

Another important this is that only with M06-2x functional throws this error.

Источник